Primeiro certifique-se de que você não está
com a tela virtual habilitada (ao mover o cursor para perto da
borda, a tela se movimenta mais um pouco).
Caso seu problema seja essa tela virtual, veja como
retirá-la na
Seção 1.10.
Caso não, leia o arquivo
/usr/X11R6/lib/X11/doc/VideoModes.doc
e veja como acertar o modeline no arquivo
/etc/X11/XF86config utilizando o utilitário xvidtune.